تمَّ الكشف عن تحرِّيات جهازي الأمن الوطني والأمن العام والمباحث, في القضيَّة رقم 10790 للعام 2013 جنايات مصر الجديدة, والمقيَّدة برقم 936 للعام 2013 كلي (شرق القاهرة), والمتَّهم فيها الرئيس المعزول محمد مرسي, و14 آخرين بقتل المتظاهرين أمام قصر الاتحادية، في 5 كانون الأوَّل/ ديسمبر الماضي.أعد تحريات الأمن الوطني الضابط عمرو مصطفى ياسين، والذي أقر بأن "تحرياته أسفرت عن قيام كل من: محمد بديع (المرشد العام لجماعة "الإخوان المسلمين"), وخيرت الشاطر (النائب الأول للمرشد), ومحمود عزت ومحمود غزلان وحسام أو بكر (أعضاء مكتب الإرشاد), بعقد اجتماع في مكتب الإرشاد، في 4 كانون الأول/ ديسمبر 2012. واتفاقهم في الاجتماع على حشد أنصار محمد مرسي من الإخوان المسلمين والموالين لهم، للتواجد في محيط قصر الاتحادية لإظهار قوتهم وقدرتهم على التصدِّي للمعارضين وحماية مؤسَّسة الرِّئاسة وإزالة خيام المعتصمين المعارضين بالقوة وإجبارهم على إنهاء اعتصامهم عصر 5 كانون الأول. وأنه تم الاتفاق مع المتهمين عصام العريان ووجدي غنيم وخالد عبدالله ومحمد عبدالمقصود وعبدالله بدر ومحمد علي أبو سمرة, الذين قامو بالتحريض على الحشد أمام قصر الاتحادية والتصدي للمتظاهرين المعارضين من خلال وسائل الإعلام المختلفة، تحت إشراف كلا من: المتهم محمد البلتاجي وصفوت حجازي، بالاستعانة بالمتهمين أحمد المغير وعبدالرحمن عز وفاضل كامل وأمير بسام وأسامة مليجي, لتفريق المعتصمين المعارضين بالقوة باستخدام مجموعات الردع، ومجموعات أخرى للقبض على بعضهم واستجوابهم بناء على تكليفهم من قيادات مكتب الإرشاد والاتفاق مع المتهم علاء حمزة لاستجواب من ضبط من المتظاهرين المعارضين والتعدي عليهم بالضرب وإحداث إصابات بهم واحتجازهم أمام البوابة رقم 4 من قصر الاتحادية.فضلا عن تعذيبهم جسديا لإجبارهم على الاعتراف بكونهم تابعين للنظام، الأسبق وتلقيهم مبالغ مالية نظير التظاهر ضد الرئيس السابق ثم موافاة المتهم أيمن هدهد مستشار بالسكرتارية الخاصة برئاسة الجمهورية, بنتائج استجواب هؤلاء العناصر بصفة الأخير المسؤول عن الإشراف على عمليات الاستجواب، بحيث تم تكليفه بتشكيل مجموعات لإستجواب العناصر الذين سيتم القبض عليهم بمعرفة مجموعات الردع وقيام أيمن هدهد بإخطار كلا من: أسعد الشيخة ورفاعة الطهطاوي وأحمد عبدالعاطي بنتائج الاستجواب.
وكشفت التحريات أن "محمد مرسي صدرت له تكليفات من قيادات مكتب الإرشاد، بضرورة إعداد خطاب جماهيري يعلن خلاله بأن تحقيقات النيابة العامة مع العناصر المضبوطة من المعارضين أسفرت عن تلقيهم أموال من بعض رموز المعارضة وأذيع الخطاب بتاريخ 6 كانون الثاني/ ديسمبر 2012".
فيما أقر علاء الدين سليم قبيص (مفتش في الأمن العام), باستمرار تواجد المتَّهمين صفوت حجازي ومحمد البلتاجي, في محيط قصر الاتحادية حتى الساعات الأولى من فجر 6 كانون الأول/ ديسمبر, لقيادة المجموعات من أنصار محمد مرسي.
وأقر عقيد شرطة ووكيل مباحث فرقة مصر الجديدة محمد فتحي محمود أن "تحرياته السرية توصلت إلى قيام المتظاهرين المعارضين للإعلان الدستوري, بالتجمع في محيط قصر الاتحادية في تظاهرة سلمية لم تعطل سير الحياة الطبيعية للمواطنين, مطالبين بإلغائه, ثم انصرفوا في نهاية 4 كانون الأول, فيما عدا بعض المعتصمين الذين أقاموا خياما للاعتصام في الجهة المقابلة لقصر الاتحادية".
فيما أقر رائد شرطة وضابط في فرقة مباحث مصر الجديدة أيمن صالح إبراهيم بأنه "بإجراء التحريات، توصل إلى أن المتهم جمال صابر محمد مصطفى, كان متواجدا ومشاركا في أحداث قصر الاتحادية في  5 كانون الأول, وهو ما ظهر في وسائل الإعلام".
وأقر رئيس مباحث قسم مصر الجديدة شادي وسام ناجي أنه "بإجراء التحريات، توصلت لصحة واقعة احتجاز المجني عليهم المعارضين لمعرفة أنصار محمد مرسي, تحت قيادة علاء حمزة, أمام البوابة الرابعة من قصر الاتحادية، بالإشتراك مع المتهمين رضا محمد الصاوي, ولملوم مكاوي جمعة, وعبدالحكيم إسماعيل وهاني سيد توفيق وتعذيبهم واستجوابهم".
واختتم التقرير بتحريات رئيس قطاع شرق القاهرة العميد محمد محمود توفيق, والذي أقر أن "سبب نشوب أحداث الاشتباكات, يرجع إلى تواجد المؤيدين في مكان اعتصام المعارضين, وبدء التعدي عليهم وإزالة الخيام وإجلائهم من محيط القصر, مما أدى إلى سقوط القتلى والمصابين, وأن التحريات توصلت لكون المتهم علاء حمزة كان من المتهمين مرتكبي واقعة احتجاز المجني عليهم".